Organa Agencije za energijo sta direktor in svet Agencije za energijo.
Direktor ali član sveta Agencije za energijo ne sme biti zaposlen ali opravljati kakršnegakoli dela v organizacijah, ki opravljajo katero od energetskih dejavnosti in ne sme imeti nobene funkcije v takih organizacijah.
Direktor ali član sveta Agencije za energijo, njegov zakonec ali izvenzakonski partner ter sorodnik v ravni vrsti do vključno drugega kolena ne sme imeti lastniških deležev v organizaciji, ki opravlja energetsko dejavnost ali v organizaciji, ki ima lastniški delež v taki organizaciji.