Sistemski operater iz prejšnjega odstavka mora omrežnino določiti skladno z metodologijo, ki jo s splošnim aktom določi Agencija za energijo s soglasjem vlade. Metodologiji za obračunavanje in določitev omrežnine določa v okviru svojih pristojnosti po tem zakonu Agencija za energijo na način, ki vzpodbuja učinkovitost izvajalcev in uporabnikov, ločeno za prenosno, distribucijska omrežja, povezovalne vode in za posamezne sistemske storitve, razen za tiste storitve, za katere se organizira konkurenčni trg. Omrežnino določi sistemski operater po javnem pooblastilu in mora nanjo pred objavo v Uradnem listu Republike Slovenije pridobiti soglasje Agencije za energijo.