Z dnem uveljavitve tega zakona prenehajo veljati določbe 50. člena zakona o javnih agencijah (Uradni list RS, št. 52/02) v delu, ki se nanaša na Agencijo za energijo.
Zakon o spremembah in dopolnitvah Energetskega zakona - EZ-B (Uradni list RS, št. 118/06) vsebuje naslednje prehodne in končne določbe: