Vendar je bilo na isti seji mogoče slišati tudi vrsto pripomb. Glavni pomislek je povezan s predmetom državljanska vzgoja in etika, saj ga katoliška devetletka v svoj predmetnik ni vključila kljub dejstvu, da gre za predmet, ki je po 28. členu zakona o osnovni šoli obvezen tako za javne kot zasebne šole. Namesto tega predmeta naj bi učenci katoliške devetletke v zadnjem triletju imeli predmet vera in kultura, ki po zagotovilih predlagatelja programa vsebuje tudi cilje in vsebino predmeta državljanska vzgoja in etika.