Sicer pa osnutek ne predvideva le ministrovega komisarja v državnih univerzah, temveč daje ministru še številna druga pooblastila, ki po prepričanju številnih profesorjev in znanstvenikov spodkopavajo avtonomijo univerze. Zelo nenavaden se zdi člen, ki določa, da je učni jezik na univerzah slovenščina in da minister določi, kako skrbeti za njen razvoj in učenje. Člen ni le absurden, ampak tudi posega v avtonomijo univerz.