Protestirala je tudi naša največja univerza, Univerza v Ljubljani, od koder so sporočili, da je besedilo tako sporno, da se o njem sploh ne nameravajo pogovarjati. Sledila je posebna izjava rektorske konference, kjer sta se ljubljanski, mariborski in primorski univerzi v protestu pridružili še Študentska organizacija Slovenije in Inženirska akademija Slovenije. Zakonu med drugim očitajo, da je konceptualno zgrešen, pravno nedodelan, sam po sebi poln vsebinskih neskladij in z vidika posameznih rešitev neustaven.