Glede pravilnosti delovanja IS pa je Računsko sodišče ugotovilo napake pri obračunu dohodnine po novi zakonodaji za leto 2005 in te ugotovitve posplošilo na vse obdelave in na celotno revidirano obdobje. To je unikum v revizijski stroki, ki si ga lahko privošči le inštitucija, nad katero je samo še modro nebo,« je do tokratne revizije kritičen. »Že leta 2000 smo nadrejenim in javnosti povedali, da je IS DURS neučinkovit, ker je velik del tega sistema zastarel, v celoti gledano pa je IS razdrobljen, raznolik in nepovezan.