Pri tem sta trčili dve nasprotujoči si viziji regulacije cerkvenih institucij ter verskih skupnosti. Prvi vidijo Slovenijo kot postsocialistično družbo, z razmeroma strogo ločenostjo države od cerkve, liberalnimi načeli registracije verskih skupnosti in omejenim programskim javnim financiranjem cerkvenih družbenih storitev. Drugi zagovarjajo široko socialno-ekonomsko vpetost cerkve v družbeno življenje in obsežno pasovno javno financiranje njenih organizacij, storitev in uslužbencev, zato pa v veliki meri omejujejo pogoje registracije in s tem tudi pravice do koriščenja javnih finančnih ugodnosti.