Sam v tem vseeno ni videl nič spornega, in sicer zato, ker se je, kot je leta 2005 povedal za Mladino, vzdržal razprave in glasovanja.
Kakorkoli že, kljub tesnim vezem z vladajočo oblastjo se je lani zapletel v polemiko z ministrom, in sicer zaradi novega zakona o visokem šolstvu, kateremu se je sicer uprla tudi večina visokošolskih zavodov in študenti. Prvi razlog je bil v Zupanovem predlogu o usklajevanju nazivov, pridobljenih po starih in bolonjskih študijskih programih.