Nadzorni svet HSŽ se je medtem lotil obravnave ukrepov, ki jih je HSŽ pripravil kot odziv na ugotovitve računskega sodišča v zvezi s poslovanjem v letu 2004. Računsko sodišče je namreč ugotovilo številne nepravilnosti, predvsem o tem, da naloge in pristojnosti niso bile porazdeljene v skladu z zakonom o železniškem prometu. Do tega naj bi menda prišlo tudi zato, ker naj bi si nekateri mrzlično prizadevali za ponovno združitev podjetja.