Računsko sodišče je tudi nedvomno dokazalo, da so bile javne domneve o nepreglednem vodenju postopkov kliničnega preizkušanja zdravil točne. Gre za zgodbo, ki je domačo javnost pretresala lani poleti, ko je prišlo na dan, da nekateri zdravniki iz KC pogodbe o preizkušanju zdravil sklepajo kar neposredno s farmacevtskimi podjetji, pri tem pa del denarja, ki bi moral pripasti KC, obdržijo zase. Po ugotovitvah revizorjev je bilo zaradi nepreglednega delovanja KC na tem področju opravljenih tudi 26 raziskav, ki so leta 2004 in 2005 potekale v prostorih in s sredstvi KC brez ustrezne odobritve in soglasja pristojnih.