Leta 2002 je z denarno pomočjo sklada Berezovskega izdal prvo knjigo FSB razstreljuje Rusijo v soavtorstvu z zgodovinarjem Felštinskim. Glavna teza knjige je nekoliko podobna trditvam teoretikov zarot, da so ZDA same botrovale 11. septembru, zato da bi pridobile naklonjenost javnosti za vojno proti terorizmu. Litvinenko v knjigi prepričuje bralce, da je FSB sama organizirala serijo eksplozij v bivanjskih stolpnicah v ruskih mestih, zato da bi upravičila začetek druge invazije ruskih vojaških enot v Čečeniji.