Ta čas mu je vojaško sodišče brez njegove navzočnosti na zasedanjih prisodilo tri leta in pol pogojne kazni zaradi nezakonitega nakupa in posedovanja eksploziva ter fizičnega obračunavanja s pridržanimi. V enem od intervjujev Litvinenko navaja, da mu je obsodba celo pomagala do statusa političnega begunca, ki mu ga je Britanija dodelila leta 2001.