V tem času so postale njene naloge vse zahtevnejše. Pred profesionalizacijo slovenske vojske leta 2003 so imeli vojaški policisti največ skrbi z vzpostavljanjem vojaškega reda in discipline pri nabornikih ter urejanjem prometa, zdaj pa nadzorujejo delovanje profesionalnih vojakov. Ko je bil leta 1998 ustanovljen 17. bataljon vojaške policije, je začela vojaška policija sodelovati na mirovnih misijah.