Vendar pa obnova fasade cerkve svetega ne pomeni začetka retuširanja umazane zgodovine, pač pa nadaljevanje ali kar dokončanje tega procesa. Od druge svetovne vojne pa nekje do osamosvojitve Slovenije je bila cerkev muzej s stalno razstavo dokumentov o medvojnih dogodkih na. Kmalu po osamosvojitvi pa je bila po zakonu o denacionalizaciji vrnjena rimskokatoliški cerkvi in spremembe so se lahko začele.