Papež II. mu je med drugim dodelil nalogo, da preuči vse okoliščine t.i. tretje prerokbe iz, hkrati pa je dobil nalogo, da prerokbo, ki je dolgo veljala za skrivnost, pripravi za objavo. Prerokba iz je govorila, da bo papež žrtev atentata.
Leta 2002 je bil nadškof Bertone prestavljen v Genovo, leta 2003 pa je postal kardinal.