V Evropi se je na SIS že pred leti vsul plaz kritik in protestov, saj ta sistem prinaša koncentracijo informacij v roke vlad članic in s tem pomeni grožnjo zasebnosti državljanov Unije. Represijo uvedbe SIS je občutilo že nešteto protestnikov - t. i. antiglobalistov, ki so bili zavrnjeni na notranjih mejah EU, čeprav naj te ne bi obstajale. V številnih primerih jim je bilo onemogočeno vstopiti v določeno državo, ker so se znašli na policijskih seznamih, ne glede na to, ali so bili kdaj v življenju obsojeni zaradi kaznivih dejanj.