S sprejetjem omenjenega zakona bi Slovenija neizpodbitno podvrgla svoj izjemno pestri biološki sistem velikemu tveganju. Mutirane rastline bi lahko s prenosom semen in pelodov kontaminirale širše okolje (ta scenarij je prej pravilo kot izjema), s čimer bi bile resno ogrožene tradicionalne kulturne "variitete" in z njimi vse oblike konvencionalnega ter ekološkega kmetovanja.
MKGP med drugim utemeljuje zakon o soobstoju kot nujen z naslednjo razlago: »Slovenija kot članica Evropske unije na svojem ozemlju ne sme izključiti nobenega tipa kmetovanja in ne more prepovedati pridelovanja gensko spremenjenih rastlin, vpisanih v skupne kataloge poljščin.