Leta 2000 je vajeti za kratek čas prevzela Bajukova, RKC bolj naklonjena vlada. A čeprav bi pričakovali, da se bodo pogajanja o vatikanskem sporazumu v njenem času uspešneje nadaljevala, so pravzaprav postala najplodnejša šele takrat, ko se je na državnozborskih volitvah leta 2000 na položaj predsednika vlade vrnil. Decembra 2001 sta slovenska vlada in Sveti sedež podpisala vatikanski sporazum.