Pogajanja so se začela julija 1999 in kar nekajkrat se je zalomilo, saj sta osnutkom nasprotovala Sveti sedež in tudi slovenska politika, zlasti takratna ZLSD.
Leta 2000 je vajeti za kratek čas prevzela Bajukova, RKC bolj naklonjena vlada. A čeprav bi pričakovali, da se bodo pogajanja o vatikanskem sporazumu v njenem času uspešneje nadaljevala, so pravzaprav postala najplodnejša šele takrat, ko se je na državnozborskih volitvah leta 2000 na položaj predsednika vlade vrnil.