Po osamosvojitvi Slovenije je vrh slovenske RKC dobil svobodo, ki si je je vedno želel, hkrati pa je začel vztrajno ponavljati, da je RKC, čeprav je najbolj razširjena verska skupnost v državi, diskriminirana. V času, ko je bil še predsednik vlade, je tako RKC, skrajno nezadovoljna s svojim položajem, predlagala, da bi vsaj nekatera nerešena vprašanja rešili s t. i. vatikanskim sporazumom, torej s posebno mednarodno pogodbo med Slovenijo in Svetim sedežem, s katero bi dobila zagotovila, da svoboda njenega delovanja v prihodnosti ne bo okrnjena. se je z zamislijo strinjal.