Že med gradnjo in nato tudi med obratovanjem morskega terminala se bo dvigoval sediment na morskem dnu. To je problematično, saj je morsko dno kontaminirano z ogromnimi količinami živega srebra, predvsem iz idrijskega rudnika. Stroka meni, da je na območju celotnega Tržaškega zaliva v sediment vezanega od 800 do 2000 ton živega srebra.