Tožilstvo je zahtevalo smrtno kazen, saj naj na tej »dobri Zemlji« ne bi bilo prostora zanj. Obramba je priporočila »dolgo, počasno smrt navadnega kriminalca« v zaporu, ne pa mučeništva, ki bi mu ga prinesla usmrtitev. Sam Moussaoui se je v dolgih štirih letih, kolikor je trajalo sojenje, očitno premislil: sprva je odločno protestiral, da je sploh imel opraviti z napadi in da ne ve ničesar o njih, nato pa je nenadoma začel trditi, da je bil osrednja oseba zarote.