HE namreč onemogočajo transport proda, poleg tega so s postavitvijo elektrarn izginile poplavne površine. Poplava avgusta lani je pokazala, kakšne so razmere na terenu. Zato lahko zaradi gradnje HE pričakujemo dodatno poslabšanje poplavne varnosti nizvodno od Veržeja, kar bi prizadelo občine Veržej, Beltinci, Ljutomer, Razkrižje, Črenšovci in Lendava, prav tako je pričakovati, da se bo Mura v tem delu začela še močneje poglabljati.