Prof. dr. Šuštešič je profesor na naravoslovnotehnični fakulteti Univerze v Ljubljani, na oddelku za geologijo, kjer je predstojnik katedre za geologijo Krasa. Poleg tega sodeluje v podiplomskem programu Varstvo naravne dediščine na Biotehniški fakulteti. Je član uredniškega odbora revije Naše jame in različnih mednarodnih krasoslovnih revij.