Vendar se je v državno službo vrnil šele leta 2000, ko je v kabinetu predsednika vlade dr. prevzel naloge svetovalca za obrambne zadeve, hkrati pa je bil sekretar sveta za nacionalno varnost. sicer ni bil več direktor podjetja Alpe Avto, res pa je, da je podjetje, čigar lastnik je, na Kosovo vozilo Fructalove sokove in alpsko mleko. Zgolj spotoma: Fructal je med letoma 2002 in 2004 vodil, torej človek, ki mu je leta 1994 predal posle direktorja varnostne obveščevalne službe obrambnega ministrstva.