Po slovenski osamosvojitveni vojni se varnostna služba obrambnega ministrstva ni ukvarjala zgolj z obveščanjem slovenskega političnega vrha o varnostnih razmerah v okolici, pač pa je dobila nov neuradnim opis del in nalog. Pri organizacijski orožarskih transportov, ki so prek Slovenije potovali na Hrvaško ter v Bosno in Hercegovino, je bila za operativno plat izvedbe zadolžena varnostna služba obrambnega ministrstva. Tudi najbolj občutljiv del teh operacij, gotovinska plačila orožja, je potekal prek obveščevalne varnostne službe obrambnega ministrstva, ki jo je vodil.