Drugo obdobje je bolj kontroverzno, tudi kavbojsko.
Po slovenski osamosvojitveni vojni se varnostna služba obrambnega ministrstva ni ukvarjala zgolj z obveščanjem slovenskega političnega vrha o varnostnih razmerah v okolici, pač pa je dobila nov neuradnim opis del in nalog. Pri organizacijski orožarskih transportov, ki so prek Slovenije potovali na Hrvaško ter v Bosno in Hercegovino, je bila za operativno plat izvedbe zadolžena varnostna služba obrambnega ministrstva.