Med raziskovalci in vladnimi naročniki namreč vseskozi obstaja latentna napetost. Prvi poskušajo ohraniti razmeroma visoko raven strokovne avtonomnosti, a se hkrati zavedajo, da si lahko sami odrežejo roko, ki jih hrani, drugi pa kot naročniki pričakujejo rezultate, ki naj bi potrjevali njihove politične odločitve.
Prvi pravi spor smo doživeli leta 2000. je za časa Bajukove vlade prekinila pogodbeno razmerje s Toševim centrom.