Komisija je imela pri svojem delovanju veliko težav, saj so se začeli pojavljati različni zapisniki istih sej. Najbolj sporen je bil zapisnik seje strokovnega sveta 1. oktobra 2002, kjer naj bi se odločalo o »remontu« starih operacijskih miz. Slučajno pa je izginil tonski zapis te seje, tako da se potem ni vedelo, kdo je posel predlagal in kdo ga je odobril.