V preteklih nekaj letih pa je preučevanje črevesnih bakterij doživelo preporod. Zaradi napredka pri odkrivanju genskega zaporedja in molekularne filogenetike ter ob pomoči polimerazne verižne reakcije za razmnoževanje DNK je zdaj možno tudi hitro preštevanje črevesne flore. Takšne raziskave so razkrile, da črevesni mikrobi igrajo pomembno vlogo pri prebavi.