In prav upravni odbori inštitutov so tisti, ki izbirajo in imenujejo direktorje inštitutov, h katerim potem vlada da soglasje. Dodaten dokaz, da nova oblast INZ potiska v drugi plan, je zavrnitev financiranja njihovega novega projekta »Slovenska politika v evropskih primerjavah v zadnjih 150 letih« s strani Agencije za raziskovalno dejavnost RS. INZ se je na odločitev agencije že pritožil, saj so prepričani o kakovosti projekta, pri katerem sodeluje deset priznanih raziskovalcev na čelu z nosilko dr. .