Od samega prihoda na Hrvaško je bil pod neposredno zaščito in poveljstvom, poznejšega obrambnega ministra ter prav tako emigranta povratnika iz Kanade. Maja 2001 je haaška tožilka Del Pontejeva izdala za generala Gotovino nalog za pripor, ki ga v strahu pred nemiri takratni predsednik vlade ni realiziral. Tako je pozno poleti leta 2001 izginil.