Ko se leta 2000 finančni škandal razvleče tudi do Schäubleja in ta odstopi, 10. aprila s skoraj 96 odstotki glasov postane predsednica CDU, vendar ji v Bundestagu spodleti že pri prvem glasovanju o davčni in pokojninski reformi. Konec obdobja tranzicije tega leta zaznamuje tudi z dokončno spremembo pričeske v skladu z zahodnimi modnimi smernicami. Decembra 2000 se znova poroči, njen drugi mož je profesor kemije Joachim.