Kohlov naslednik Wolfgang Schäuble jo leta 1998 predlaga za generalno sekretarko nemške CDU in na tem položaju ostane dve leti. Ko se leta 2000 finančni škandal razvleče tudi do Schäubleja in ta odstopi, 10. aprila s skoraj 96 odstotki glasov postane predsednica CDU, vendar ji v Bundestagu spodleti že pri prvem glasovanju o davčni in pokojninski reformi. Konec obdobja tranzicije tega leta zaznamuje tudi z dokončno spremembo pričeske v skladu z zahodnimi modnimi smernicami.