Na drugi strani pa se pojavljajo tudi problemi z osebami, pri katerih je težko relevantno zajeti prstne odtise, kot so otroci ali invalidi. Druga težava bodo tudi preverjanja, saj bo mejna kontrola trajala nekaj dlje. Poleg tega pa bo treba tudi določiti, koliko lastnosti prstnega odtisa bo zadostovalo za verifikacijo.