Sprva je uzbeško vodstvo trdilo, da je bilo ubitih deset vojakov in precej več upornikov. Zaradi mednarodnega pritiska pa je oblast 17. maja ‐ dan pred obiskom tujih veleposlanikov v Andidžanu ‐ le priznala, da je bilo ubitih 169 ljudi, med njimi 32 vojakov in 137 »teroristov«. Stranka svobodnih kmetov trdi, da so poleg 542 demonstrantov v Andidžanu vojaki pobili še 203 ljudi v Paktabadu, drugem mestu v dolini Fergana, ko so ti skušali zbežati na varno prek uzbeško-kirgizijske meje.