Obstaja več različic, kdo naj bi pripravil napade in kaj se je dogajalo potem. Uzbeški predsednik Islam trdi, da so bili pristaši obtožencev islamski skrajneži, ki so zalet dobili zaradi padca vlade v sosednji Kirgiziji pred dvema mesecema in so hoteli to ponoviti še v svoji domovini ter uvesti kalifat. A poslovneži naj bi bili po mnenju številnih ljudi pošteni in ugledni poslovneži, ki so ljudem v obubožani dolini Fergana zagotovili delo in so jih aretirali na podlagi lažnih obtožb; tako trdijo tudi njihovi odvetniki.