Ta načrtuje in vzdržuje proge ter zagotavlja sredstva za to. Ker pa nima lastnih izvajalcev, ima sklenjeno pogodbo s Holdingom slovenskih železnic, ki je edini usposobljeni izvajalec javne gospodarske službe vzdrževanja železniške infrastrukture. »Težava, na katero sem opozarjal že prej, je bilo premajhno sodelovanje javne agencije in prejšnjega vodstva Holdinga SŽ, saj sta vsak po svoje predvidevala modernizacijo infrastrukture, zato so zadeve stale.