Izjemno pomemben del Ratzingerjeve doktrine predstavlja odnos do ostalih krščanskih cerkva. Leta 2004 je v izjavi Dominus Iesus zapisal, da je le rimskokatoliška cerkev edina Kristusova cerkev. Z interpretacijo, da so ostale vere »spoznale samo žarek resnice« je povzročil gnev ostalih krščanskih cerkva in pod vprašaj postavil ekumenski dialog.