Baker sicer velja za enega najtesnejših sodelavcev dinastije Bush. Leta 2000, ko so se ameriške predsedniške volitve na Floridi končale s katastrofalnim preštevanjem glasov, je vodil ekipo pravnih svetovalcev Busha mlajšega. Na položaju ameriškega državnega sekretarja je spremljal tudi dogajanje v nekdanji Jugoslaviji. Beograd je obiskal tik pred slovensko razglasitvijo samostojnosti, med obiskom pa je podprl tedanjega predsednika zvezne vlade.