Čeprav na volitvah leta 2000 spet ne doseže parlamentarnega praga, se njegovo ime pojavi že v prvih ministrskih kombinacijah. Na začetku decembra nekoliko presenetljivo prevzame ministrstvo za notranje zadeve, za prednostne naloge pa si v svojem mandatu izbere reformo javne uprave, vzpostavljanje schengenske meje in usposabljanje uradnikov v javni upravi za čas, ko bo Slovenija postala članica EU.
je v stalnih polemičnih odnosih z direktorjem generalne policijske uprave Pogorevcem, vendar se za zamenjavo šefa policije ne odloči.