SDS bi za komisarsko funkcijo predlagala nekdanjega zunanjega ministra, NSi zmagovalca evropskih volitev Lojzeta Peterleta, SLS nekdanjega predsednika stranke in kmetijskega ministra ali nekdanjega predsedniškega kandidata Franceta, SNS pa trboveljskega župana. Toda ne popusti in ostane edini kandidat. Avgusta 2004 ga Barroso razporedi v resor za znanost in raziskovanje, kar je za priložnost, da združi raziskovalne izkušnje iz zgodnejšega obdobja svoje kariere z vodstvenimi in političnimi izkušnjami.