Volilci ji namenijo 100.000 glasov manj kot leta 1996, pa je edini pomembnejši funkcionar stranke, ki mu uspe priti v parlament. Marca 2001, na prvem rednem kongresu SLS + SKD, vloži kandidaturo za predsednika stranke, a jo v zadnjem hipu umakne in predsedniški položaj prepusti kmetijskemu ministru. Dobri dve leti pozneje znova kandidira za predsednika in gladko zmaga.