Leta 1997 napove kandidaturo za predsednika republike in jo kmalu spet prekliče zaradi »grobih in neutemeljenih napadov nanj in na stranko s strani predsednika SDS«. SLS za predsednika kandidira dr., poznejšega veleposlanika v Vatikanu, ko pa ta od kandidature odstopi, se vrne v tekmo. Že v prvem krogu zmaga, saj zbere 55 odstotkov glasov, pa z 18 odstotki zasede častno drugo mesto.
Aprila 2000 je po dolgih mukah ustanovljena združena stranka SLS + SKD.