Čez dva meseca, 11. septembra 2001, Al Kaida udari v newyorški WTC in Pentagon. Svet za nacionalno varnost presodi, da Slovenija ni neposredno ogrožena, pa doda, da je »Slovenija del mednarodnega prostora in je kot taka tudi ogrožena«. Maja 2002 vlada sklene, da bo prevzel vodenje, Slovenske obveščevalno-varnostne agencije.