Po kratkem premoru februarja 2004 dobi delo pri Nogometni zvezi Slovenije, kjer postane selektor mladih selekcij U20 in U21. Čeprav je imel njegov predhodnik zelo slabe rezultate, se Branetovi varovanci že na prvem srečanju predstavijo v sijajni luči, ko vrstnike iz premagajo z 9 : 1. Tudi druge tekme kažejo, da imamo dobro generacijo. Hkrati se selektor A-reprezentance nekako ne znajde na svojem položaju in izgublja na vse več srečanjih, tudi z ne tako dobrimi tekmeci.