Leta 1998 je na kongresu LDS ponovno gladko izvoljen za predsednika stranke. Največ težav ima z obrambnim ministrstvom, saj mora na začetku leta 1999 imenovati še tretjega predstojnika obrambnega resorja. Ker sta varnostni službi slovenskega in izraelskega obrambnega ministrstva podpisali zaupni varnostni sporazum, opozicija z na čelu očita hujšo kršitev ustavnega reda in zahteva parlamentarno glasovanje o ustavni obtožbi.