Na posebno nadškofovo željo se vrne v Ljubljano in prevzame vodenje malega semenišča pri sv. v Ljubljani, ki mu zaradi pomanjkanja novih kandidatov grozi zaprtje. Lojzetu kljub prizadevanju zaprtja ne uspe preprečiti.
Leta 1980 je imenovan za župnika velike fare Ljubljana Šentvid in na tem mestu ostane vse do imenovanja za škofa.