Med najbolj spornimi vidiki zapornic je njihov morebitni vpliv na ekosistem v beneški plitvini. Presenetljivo je, da večji del Benetk še vedno nima kanalizacije, zato bi kakršen koli ukrep, zaradi katerega bi se upočasnila izmenjava vode v laguni, lahko hitro privedel do nevarnega dviga količine nevarnih snovi. Znanstveniki se ne morejo zediniti, ali bo zaradi zapornic ta težava še hujša, oba tabora pa se strinjata, da bi ne glede na vse najprej morali zgraditi ustrezno kanalizacijo.